Babamın Cinayet Defteri, 1992 yılının sisli, yağmurlu ve yapış yapış tehlike dolu İstanbul’unu ve günümüzün siyasal-sosyal yapısının temellerini anlatıyor. Yıllarca Cumhuriyet gazetesinin polis muhabirliğini yapan Baretta Gölgesiz Kemal Metin’in haberlere sığdıramadığı ayrıntılar, onun defterinde okuru kendine bağlıyor. 17. yüzyılda Sultanahmet Camii’nin yapımı sırasında işlenen tuhaf cinayetlerden 1970’lerde ambargo günlerinin yoksulluğundaki kayıp aslan paniğine kadar tuhaf ve sarsıcı hikâyelerle dolu defterin izini süren gazeteci Altan Metin, bir yandan babasının faili meçhulünü aydınlatmaya çalışırken bir yandan da kayıp kardeşi Erkan’ı arıyor. Bir filozofu ölümden kurtarmaya uğraşırken bir eski katilin de elini kana bulamasına engel olmaya çabalıyor. Ve bu kargaşada iki kadının aşkını yaşarken Uğur Mumcu’ya kurulan suikast komplosunun parçası olmamaya çalışıyor. 
İçinde Yaşar Kemal, Hasan Cemal, Ertuğrul Özkök ile Orhan Pamuk’un da olduğu, Türk ve dünya edebiyatındaki çeşitli metinlere göndermeler yapan Babamın Cinayet Defteri okudukça katmanları yoğunlaşan, az rastlanan türde bir politik-psikolojik-polisiye. 
Erdinç Akkoyunlu, her okunduğunda farklı sırlarını okurla paylaşacak bir roman yazmış.